Spotkamy ją w lasach liściastych, mieszanych i iglastych. Potrafi zręcznie poruszać się wśród gęstych gałęzi, skacząc z jednej na drugą. W okresie lęgowym sójki żyją cicho i w ukryciu, natomiast w czasie jesiennego przelotu są widoczne i towarzyskie. Czasami w poszukiwaniu pożywienia trafiają na pola pod lasem, zjadają ziarno, a nawet dziobią ziemniaki. Na moim osiedlu sójki pojawiają się często jesienią, gdy przylatują po żołędzie do rosnącego tutaj dębu.
Wiosną samiec zaczyna śpiewać cichą, świergotliwą pieśń, w które naśladuje głosy innych ptaków. Potrafi także naśladować beczenie owiec i meczenie kóz, toteż niejeden pasterz słysząc sójkę zaczynał szukać zgubionej owieczki. Można ją nauczyć gwizdać piosenkę i wymawiać słowa. Oboje partnerzy budują w końcu kwietnia lub na początku maja gniazdo ze źdźbeł i korzonków, często niezbyt dobrze ukryte. Rzadko znajduje się wyżej niż 5 metrów nad ziemią. Czasami gnieżdżą się w spróchniałych drzewach lub w budce lęgowej.
Sójki jedzą wszystko, zmieniając rodzaj pokarmu w zależności od jego dostępności. Latem żywią się przeważnie owadami, ale nie gardzą ptasimi jajami ani pisklętami. Polują także na młode ptaki – czasem nawet na dorosłe! Trzymają je nogami i zabijają dziobem, nie baczą na krzyki innych ptaków leśnych. Z powodu ich „hańbiących czynów” czynów Niemczech poluje się na sójki i zjada (zupa z sójki jest przysmakiem myśliwych). W Polsce znajdują się pod ochroną. Sójki polują też na jaszczurki, myszy, żaby i ryjówki. Jesienią odżywiają się pokarmem roślinnym. Zbierają ziarno na polach pod lasem, jedzą groch i fasolę, wszelkie jagody, buczynę, a przede wszystkim żołędzie, które zręcznie zrywają z drzewa lub zbierają na ziemi.
Sójki robią zapasy na zimę – łykają do wola ok. pół tuzina żołędzi i niosą w wybrane miejsce. Wywierca tam otwór w ziemi i wkłada pierwszy żołądź, następnie robi drugi otwór i wypluwa z gardła kolejny żołądź i tak dalej, aż ukryje wszystkie. W szczelinach skał, w dziuplach i innych kryjówkach zakłada też spichlerze, w których umieszcza czasem kilka kilogramów żołędzi. O wielu z nich sójka zapomina i kiełkują następnego roku.
W niektórych latach Europa Środkowa przeżywa inwazję sójek ze wschodu. Te piękne ptaki całymi gromadami buszują po kolorowych, jesiennych lasach. Jeżeli stado zamierza przefrunąć do drugiego lasu, wówczas następny ptak startuje dopiero wówczas, gdy jego poprzednik dotrze już na miejsce. Na otwartej przestrzeni lot sójki wydaje się powolny i niezgrabny.
U sójek obserwuje się dziwne zachowanie zwane mrówkowaniem. Ptak siada koło mrowiska i stroszy pióra, co wywołuje atak
rozgniewanych mrówek i opryskanie kwasem mrówkowym. Sójki dodatkowo chwytają pojedyncze mrówki i wsadzają je sobie pod pióra. To zachowanie można wytłumaczyć jako swoisty sposób pielęgnacji upierzenia. Być może służy ono zwalczaniu pasożytów żyjących w piórach ptaka. Młode sójki łatwo przyzwyczajają się do człowieka i bez problemu można je oswoić.
Sójki bywają nazywane „strażnikami lasów”, ponieważ te czujne ptaki błyskawicznie zauważają wszelkich intruzów (człowieka, zwierzę) i wydają z siebie głośny skrzek. Jest to swoisty alarm dla całego ptasiego światka.